虽然甜菜碱和肉碱在结构上相似，且都可以由哺乳动物体内合成，但是它们的代谢途径有所不同。

甜菜碱在动物体内大量生物合成反应中起到提供甲基基团的作用，完整的甜菜碱还可以作为某些特定类型的细胞渗透压保护剂。肉碱不能被哺乳动物体内的酶所分解，其作为有机酸穿过生物膜运输过程中的辅助因子，主要是在运输长链脂肪酸进入线粒体膜时发挥运输作用。

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